1º Passo / Tópico:

Novos cadastros de Natureza Jurídica são vinculados em Cadastro de empresas, mas depois somem.

Ao ir na rotina de Cadastro de Natureza Jurídica e cadastrar novamente o código, automaticamente mostra no cadastro da empresa conforme o vinculo já realizado antes de sumir.

1. Cadastro é feito na rotina Cadastro de Natureza Jurídica e some  
2. É vinculado no Cadastro de empresas normalmente

Resolução

Neste caso, a solução é efetuar DBCHECK na base geral que esta apresentando inconsistência na leitura dos dados cadastrados.

Para auxilio no processo de DBCHECK  acesse o link: A1149- Como executar o DBCHECK -Pervasive 10 ou superior