O módulo Inventário de Estoque auxilia na conferência do estoque dos produtos comparando com as informações do sistema Bimer e a realidade do estoque físico, também no lançamento inicial do estoque dos produtos de uma empresa ou até mesmo em um ajuste na sua quantidade ou custo. Na prática, o módulo inventário recuperará a quantidade do produto em estoque e o seu valor de custo, baseando-se no custo de reposição ou custo médio do produto, e comparará os valores informados pelo conferente na geração do inventário. Com isso, de acordo com as ações do usuário conferente, manterá as informações contidas no sistema Bimer, alterará o valor de custo ou quantidade em estoque do produto.

A geração do lote de inventário pode lançado manualmente ou através de leitura de arquivo .txt. Além disso, o Inventário de Estoque exibe ainda os inventários oriundos do BIEstoque.

O fluxo operacional do sistema é realizado da seguinte forma: