Tenho mais de um código de cliente. Preciso de um um serviço para cada código? 

Não! O Alterdata backup está preparado para administrar N códigos diferentes no mesmo servidor. 

Imagine que eu seja um cliente tenha os seguintes códigos de cliente: 123456, 654321 e 111222.

Quando eu acessar o sistema com o código : 123456 e abrir o Alterdata backup, criaremos uma base do Alterdata backup específica para o código 123456. Desta forma eu posso ter um horário de backup específico para esta base,  determinar um local específico para salvar os backups deste código e realizar qualquer configuração de forma individual.  O mesmo vai se aplicar aos demais códigos.  Ou seja, cada código terá sua base de dados, mas será administrada pelo mesmo servidor.

Porém não é possível ter somente em um dos códigos um plano de armazenamento e fazer envio para nuvem dos backups dos demais códigos. 

Para o envio dos backups para nuvem a validação é feita por código CRM.