Verifique neste artigo como realizar o encerramento do MDFe 

Como Resolver

1. No Shop, clique na aba Vendas → Emissão de MDFe
2. Selecione o documento e clique em Encerrar MDFe (O documento precisa estar autorizado)
3. O MDFe será encerrado.

O Status não sai de encerramento pendente:

1. Selecione o documento e clique novamente em Encerrar MDFe
2. Clique em Atualizar Status
3. Caso o status ainda não atualize, clique em 'Verificar MDFe sem encerramento' para forçar a importação.