Certificado A1:  

• É instalado diretamente na máquina, não depende de cartões ou tokens para seu uso, pois ele é um Arquivo digital. 
• O arquivo em geral é fornecido pela certificadora por e-mail, junto com a senha e instruções.
• A instalação é simples e não é necessário informar a senha do certificado a cada acesso.

Vantagens: Pode ser instalado em diversas máquinas, sem a necessidade de comprar um certificado para cada computador.

Desvantagens: Em geral, sua validade é de apenas um ano.

Certificado A3 - Cartão:

• Este certificado possui uma estrutura física, que é um cartão, e necessita de um leitor de certificado digital para que funcione.
• O Cartão e o leitor são fornecidos pela Certificadora, que envia por correios ou entrega pessoalmente, junto com os dados do contrato e instruções.
• Para sua instalação é necessário instalar o Driver fornecido pela certificadora, para que o Windows reconheça o certificado. O driver pode ser encontrado também no site da Certificadora contratada.

Vantagens: Sua validade padrão é de 3 anos.

Desvantagens: Por ser uma estrutura física, há o risco de perder o cartão, quedas de energia podem queimar o leitor do certificado, é necessário digitar a senha do certificado a cada acesso e só é possível utilizar em uma máquina por vez. Ele não é recomendado para uso de emissão de NFC-e em pontos de venda, ou uso em duas máquinas para emissão de notas.

Certificado A3 - Token: 

• O Token também possui uma estrutura física, que é um Pen Drive, conectado diretamente em uma porta USB do computador.
• É fornecido pela Certificadora, que o envia por correios ou entrega pessoalmente, junto com os dados do contrato e instruções.
• Para sua instalação é necessário instalar o Driver fornecido pela certificadora, para que o Windows reconheça o certificado. O driver também pode ser encontrado no site da Certificadora contratada.

Vantagens: Sua validade padrão é de 3 anos.

Desvantagens: Assim como o cartão, há o risco de perder o Token, é necessário digitar a senha do certificado a cada acesso e só é possível utilizar em uma máquina por vez. Ele não é recomendado para uso de emissão de NFC-e em pontos de venda, ou uso em duas máquinas para emissão de notas.