Com essa opção marcada, ao informar o desconto no item, o valor unitário que passará a ser exibido é o valor com desconto.

Conforme exemplos abaixo: 

Inserindo desconto de 50% em um produto de R$10,00:

Feito isto, insira as demais informações e grave. 

Ao visualizar novamente o orçamento, o valor unitário do produto já estará alterado de acordo com o desconto, como mostra a imagem abaixo. abaixo: 

Como configurar: 

Dentro do módulo Orçamento clique no botão Configurações, após na aba Complemento.

No campo Descontos, localize e marque o checkbox Alterar o valor unitário do produto ao informar desconto, acréscimo ou promoção e após grave.