Este artigo orienta como transmitir ao eSocial os eventos referente pessoa física, com CPF iguais porém CAEPF's diferentes.

Resolução

 É necessário transmitir o S1000 de uma das empresas com CPF iguais, pois este evento é único por CPF. As demais serão declaradas por CAEPF no evento S-1005.

Cadastro de Empresas

1- Acesse: Parâmetros Gerais > Cadastros > Cadastro de Empresas
O evento S-1000 será enviado apenas uma vez, pois é único por CPF. 

2- Vincule as demais empresas como filiais e transmita o S-1005, onde é gerado um evento S-1005 para cada CAEPF existente.