Quando já existe um S-1200 aceito no esocial, ao enviar novo evento para a mesma base, sendo empresas matriz/filial, o evento retorna com a mensagem: Foi localizado no sistema um evento em duplicidade

com o evento a ser enviado, mesmo tipo de inscrição, número de inscrição, CPF, período de apuração.

Resolução

Somente será possível o envio de um S-1200, a remuneração é referente ao mesmo estabelecimento por se tratar de matriz e filial.
No manual do esocial consta a seguinte informação:

Nessa situação o cliente deve verificar como será o envio, se será centralizado em uma única empresa, ou o controle manual no portal do esocial.