Para incluir um valor de frete na sua NF-e, faça o seguinte:

1. No Shop, acesse a aba Estoque → .
2. Clique em .
3. Coloque os dados de operação, série, cliente/fornecedor normalmente

4. Na aba itens, informe no campo Frete o valor correspondente para ser incluído no valor total do documento:

   

   Você também pode informar se o frete é por conta do destinatário ou emitente, basta na aba documento informar no campo Frete por conta.

   

5. Após os procedimentos basta gravar o documento e gerar a NF-e.