Configuração

No financeiro acesse o menu inicial do sistema > Configurações opções.
Vá na aba Recibo > sub-aba Geral.
Marque a opção " Salvar cobrança(s) em PDF separando em pastas por código da empresa? " e informe a pasta padrão que será salvo os boletos na geração da cobrança, conforme figura ao lado.
Clique em Gravar.

Ao gerar as cobrança e salvar o PDF na máquina será salvo de forma automática no caminho informado em configurações opções os boletos em PDF separando por pastas com o código da empresa.