Esse valor de despesas acessórias pode ser lançado por item na NF-e.

Como lançar o valor:

1-Clique em Detalhar a NF-e, na Aba Produtos e serviços.

2- Selecione o produto e clique em Editar.

3-Na parte de baixo da tela terá o campo Total produto → Outras despesas acessórias

4- Após informar o valor clique em 

 Caso desejar remover, basta editar e apagar o conteúdo.