Temos três formas de efetuar a baixa nas duplicatas, basta verificar os passos abaixo.

Baixa através do Movimento de notas

1. Acesse a aba Lançamentos > Nota Fiscal > Nota Fiscal.
2. Acesse a nota que deseja dar baixar na Duplicata, e vá na aba Fatura/Duplicata. 

3. Clique em Novo, na tela que será aberta já ficará com a opção "Baixada" marcada, informe a data da baixa, o valor e caso seja o valor total marque a opção "Baixa Total".

   Caso queira integrar com o contábil essas informações de baixa, basta informar os lançamentos automáticos e o valor do lado direito.

4. Clique em Gravar.

Baixa através do Módulo Baixa de Duplicata

1. Acesse a aba Contábil > Baixa de Duplicata.
2. Informe a Empresa, e marque qual Tipo de Movimento que tem a duplicata em questão para dar baixa.
3. Clique em Localizar e clique em Novo.
4. Informe o valor, se é baixa total e caso queira os lançamentos automáticos.
5. Clique em Gravar.

Baixa pelo Gerenciador de Duplicatas

1. Acesse a aba Contábil > Gerenciador de Duplicatas;
2. Informe a Empresa, o Tipo de Data e o Período;
3. Selecione uma ou mais Duplicatas e clique em Baixar;
4. Selecione novamente as Duplicatas que quer baixar e, se preciso mude os valores de baixa, depois clique em Baixar.