Cadastro da Empresa - aba Área Municipal

Acesse o sistema Fiscal;
Clique na aba Cadastros > Empresa;
Selecione a Empresa em questão;
Acesse a aba Área Municipal;
Na opção Apura ISS, marque Sim.

Cadastro da Empresa - aba Códigos

Após marcar que a empresa irá apurar ISS, precisamos vincular um código de operação a ela.

Caso tenha dúvidas sobre como realizar o cadastro do Código de Operação, clique aqui. É no Código de Operação que são informadas as alíquotas dos tributos apurados, então é muito importante que seja configurado corretamente e vinculado ao cadastro da empresa.

Ainda no cadastro da empresa (Cadastros > Empresas > Selecione a empresa em questão);
Acesse a aba Códigos.
Clique em Adicionar e selecione na lupa o código de operação que será vinculado a empresa;
Caso a empresa seja do Simples Nacional, selecione também os tipos de receitas utilizados;
Clique em Gravar.

Após realizar as configurações, poderá importar as notas para o sistema.