Quando ocorre o erro 

Ocorre quando o cadastro do funcionário foi duplicado por motivo de reintegração. 

Como realizar o ajuste

1. Acesse o cadastro do funcionário > aba 'Dados contratuais';
2. no campo 'Ocorrência' informe 05 e clique em gravar. 
3. Realize o procedimento nos dois cadastros, em seguida gere novo arquivo da SEFIP.