Calculou a folha e foi descontado INSS e FGTS para o seu estagiário ? 

Não se preocupe, isto é uma configuração no cadastro da empresa que deve ser feita! 

1. Acesse o WDP, na aba empresa;
2. Abra o cadastro da empresa do estagiário, na aba "Configurações - sub aba Processos";
3. Marque a opção "Controla processamento de Estagiários conforme a Lei n º 11.788/2008";
4. Após clique em "Gravar" e reprocesse a folha do estagiário.