Quando ocorre o erro

Esta mensagem de erro ocorre no retorno do S-1260, quando o número do CNPJ está inválido ou não está em conformidade com a numeração enviada nos eventos com dados iniciais do estabelecimento.

Apenas o Adquirente tem a possibilidade de ser CNPJ, pois o S-1260 é exclusivo de pessoa física (CPF).
Portanto, o ajuste de CNPJ deve ser feito no Cadastro de Adquirente em Guias - Produção Rural - Produtores / Adquirentes, no cadastro do Adquirente que se refere o S-1260

Como efetuar o ajuste

Acesse o sistema Departamento Pessoal - aba Guias - Produtor Rural;
Em seguida clique em Produtores/Adquirentes - selecione o cadastro - clique em Editar;
Preencha o campo CNPJ/CPF e clique em Gravar;
Acesse a Central eSocial - Andamento dos envios, selecione o evento S-1260 com erro e clique em "Detalhes";
Para que o eSocial faça uma nova validação, clique em "Reprocessar";
Será apresentado um evento que será enviado ao eSocial.