Para Funcionários:

Acesse o WDP, aba folha, Lançamento por funcionários;
Selecione empresa, funcionário e período, no campo Tipo de Processamento selecione Folha Complementar
Clique em novo e faça o lançamento do evento desejado.
Ainda na aba folha clique em cálculo da folha, ao selecionar o tipo de folha abrirá uma nova tela com algumas opções, clique em "Folha Complementar" após selecionar o período.
Selecione a empresa e o funcionário e gere a folha.

Para Sócios:

Para os sócios não será possível gerar a folha complementar sendo necessário gerar junto com a folha mensal.

Para maiores informações de como gerar o pro-labore para os sócios clique aqui .