O CFOP fica configurado dentro da operação que está vinculado nas configurações do módulo Nota fácil, para alterar o CFOP será necessário Criar uma nova operação e ajustar nas configurações :

Como alterar ? 

1. Primeiramente será necessário criar nova operação : No wshop Aba produtos e serviços > fiscais > operações > Novo
2. Após cadastrar os CFOPs desejados, abra o Nota fácil e clique em Opções > operações  ou na Aba > Trocas e Devolução (depende de qual CFOP quer mudar, venda ou devolução)
3. E informe a operação nova que foi criada.