O que significa a mensagem 

• Esta mensagem "Contribuintes com o mesmo CPF e que por isso tiveram os valores aglutinados" é uma mensagem informativa, ou seja, não impede a validação do arquivo.
• Ela aparece quando na empresa em que está se gerando o arquivo DIRF, possui um contribuinte com o mesmo CPF informado em dois cadastros, pode ser por exemplo o mesmo contribuinte com cadastro de múltiplos vínculos.
• Quando isso ocorre, seus valores são aglutinados, pois a DIRF só aceita desta forma.